一站式非變性PAGE電泳套裝
產(chǎn)品及特點非變性PAGE電泳是研究SSCP-PCR(single-strand conformation polymorphism-PCR、單鏈PCR片段構(gòu)象多態(tài)性)和凝膠滯阻(Gel Shift)的重要研究手段,因為在非變性PAGE中, DNA的遷移率除跟長短相關(guān)外,還跟其構(gòu)象和結(jié)合的蛋白質(zhì)相關(guān)。本產(chǎn)品就是專門用于非變性PAGE的試劑,它具有下列特點:
1.一站式,用戶只需要準(zhǔn)備水和樣品,十分方便。
2.安全,免去了實驗人員接觸粉末狀的劇毒物品丙烯酰胺。
3.靈活,提供的丙烯酰胺和甲叉雙丙烯酰胺便于用戶配制各種交聯(lián)度的PAGE膠,用于各種不同實驗。
4.PAGE電泳后可直接用于銀染等后續(xù)試驗。
規(guī)格及成分成份30次大紙盒包裝
丙烯酰胺干粉(CAT#:100876-60)60 g
甲叉雙丙烯酰胺干粉(CAT#:100877-3)3 g
TEMED(CAT#:100880-1.5)1.5 mL
過硫酸銨干粉(CAT#:100879-1)1 g
DNA非變性PAGE上樣液,2×(CAT#100875-1.5)1 mL
TBE電泳液,10×(CAT#:90313)250 mL
使用手冊1份
運輸及保存常溫運輸,保存條件見上表,有效期一年。
自備試劑去離子水
使用方法下面以SSCP-PCR為例說明DNA非變性PAGE電泳濃度和交聯(lián)度的選擇,非SSCP-PCR實驗需要自行摸索相關(guān)參數(shù)。
一、PAGE濃度的選擇:使用濃度為5-12%的丙烯酰胺膠,因為SSCP-PCR的擴(kuò)增長度一般在150-200 bp之間,而5%的PAGE的有效分辨范圍為80-500bp、8%的PAGE的有效分辨范圍為60-400bp、12%的PAGE的有效分辨范圍為40-200bp。
二、PAGE交聯(lián)度的選擇:交聯(lián)度越低,孔徑越大,對DNA分子構(gòu)象的變化越靈敏,SSCP分辨率越高,但過低則膠太軟,不好進(jìn)行電泳后的后續(xù)操作,所以一般選擇1-2%的交聯(lián)度(即丙烯酰胺:甲叉雙丙烯酰胺在49:1到48:2之間)。
三、體積的選擇:SSCP-PCR檢測需要長約30-40 cm的測序膠板,可以結(jié)合梳子的厚度,計算膠的體積。
操作:
1.*次使用本產(chǎn)品時需先配制30%丙烯酰胺溶液:在本產(chǎn)品提供的裝有60克丙烯酰胺干粉的塑料瓶中加入146 mL自備的去離子水,充分搖晃直到溶解即得200 mL 30%丙烯酰胺溶液(用手大約搖10-20分鐘)。
2.*次使用本產(chǎn)品時還需配制一定交聯(lián)度的30%丙烯酰胺-甲叉雙丙烯酰胺溶液: 不同實驗需要加入不同比例的甲叉雙丙烯酰胺。對一般分離實驗,丙烯酰胺與甲叉雙丙烯酰胺比例一般在19:1左右,因為此時PAGE膠的孔徑zui小,分辨率zui高。制備方法是將3g甲叉雙丙烯酰胺干粉加入到200 mL上步配好的30%丙烯酰胺溶液中。對檢測DNA空間構(gòu)型的PAGE膠(如SSCP-PCR產(chǎn)物)如果需要配制的交聯(lián)度是49:1,則加入的甲叉雙丙烯酰胺的量是丙烯酰胺的量(60 g)的49分之1。配好的30%AB溶液4℃避光保存并在1月內(nèi)用完。
3.配制PAGE膠(這是配制100 mL膠的用量,配制更大體積的膠則需以此用量為基礎(chǔ)按比例增加)。在一個250mL的三角瓶中,先按下表的用量加入去離子水、40%丙烯酰胺溶液和10×TBE緩沖液。丙烯酰胺單體溶液具有神經(jīng)毒性,一定要戴手套操作。
PAGE
膠濃度各成分用量(單位:mL)總體積
(mL)
去離子水30%丙烯酰胺10×TBE
緩沖液
5%73.316.710.0100
6%70.020.010.0100
7%66.723.310.010.00
8%63.326.710.0100
9%60.030.010.0100
10%56.733.310.0100
11%53.336.710.0100
12%50.040.010.0100
注:有大量文獻(xiàn)報道PAGE膠中加入5%-10%的甘油能提高某些SSCP-PCR產(chǎn)物的分辨率。如果選擇加入10%的甘油,則減少去離子水的用量10mL,同時加入10 mL甘油。
C:搖晃混勻。能抽真空10-15分鐘以去除溶液中的氧氣(氧氣能抑制丙烯酰胺聚合反應(yīng)),無條件也可以不脫氧。
D:加入500 uL 10%APS和100 uL TEMED,迅速搖勻后倒膠。
E: 在膠的液面距離達(dá)到頂部時停止灌膠,插入梳子。
F: 室溫聚合30-60分鐘(低溫抑制聚合反應(yīng))。
G: 拔出梳子,用1×TEB液沖洗加樣孔。
H: 放4℃冰箱預(yù)冷30分鐘-12小時。為了防止膠收縮,頂部加少量1×TBE緩沖液。預(yù)冷的膠有利于保持單鏈DNA的構(gòu)型。
4.將預(yù)冷的凝膠板固定在電泳裝置上,往上槽和下槽中加入足夠1×TEB電泳液。
5.取3-5 uL SSCP-PCR樣品,加入等體積2×非變性PAGE上樣液,85℃處理5分鐘后冰浴。用前短暫離心后取2 uL上樣。
6.連接電源線,打開電源開關(guān)。如果PAGE中不含甘油,則使用25W的功率,電泳5-7小時(對3-40cm長的PAGE膠而言)。如果使用含甘油的PAGE,則使用8W的功率,電泳16-18小時。由于溫度變化過大會改變DNA構(gòu)型,所以電泳時能保持恒溫。對不含甘油的PAGE,恒溫在4℃、對含甘油的PAGE,恒溫在25℃。
7.終止電泳,取出凝膠進(jìn)行后續(xù)的處理(如銀染)。